我要做比对数据的可视化。。。。。。
好哒、好哒,可是我不会。。。。。。
小编自诩宇宙无敌生信gou,所以这能难倒我吗?于是乎,经过闭关修炼,终于摸清了门路。为了成就我高逼格人生,请让我一展拳脚。。。。
IGV(IntegrativeGenomicsViewer)是一款本地即可使用的基因组浏览器,不管你用何种系统基本上都可找到对应的安装包,方便且实用。只需要导入参考基因组文件以及bam或者bw文件即可(本文仅以bam和bw文件进行讲解)。
参考基因组大家都不陌生,它以.fa结尾,测序数据需要与其做比对。那么问题来了,bam是什么,bw又是什么*?
且听小编娓娓道来......bam文件是你的测序数据与参考基因组比对后得到的文件,用记事本,notepad等文本编辑器都无法打开,因为它很大,即使打开也看不了,因为它是乱码;乱码?因为它是二进制文件;为什么二进制文件看不了呢?因为。。。好吧,你猜!
bw文件是bigwig的缩写,它是wig文件的二进制文件,wig和bigwig文件都是UCSC为了追踪参考基因组的各个区域覆盖度所规定的文件。实际上它就是UCSC定义的可以放到他自己的基因组浏览器上进行可视化的软件,当然UCSC也提供了转换小工具(